Родился в 1922 году в деревне Шуклино ныне Коченевского района Новосибирской области в крестьянской семье. Работал на заводе «Сибсельмаш».
После начала войны в июле 1941 года призван в Красную Армию. Окончил Томское артиллерийское училище в 1942 году.
На фронтах Великой Отечественной войны с апреля 1942 года. Воевал на Брянском и 1-м Прибалтийском фронтах. В боях проявлял мужество и отвагу. Награжден двумя орденами.
В ходе Белорусской наступательной операции у села Сервиджай командир батареи 569-го истребительно-противотанкового артиллерийского полка 17-й истребительно-противотанковой дивизии Плахотный лично уничтожил два танка. Не отступив ни на шаг, расстреляв по наступавшим танкам все снаряды, организовал круговую оборону и вступил в рукопашную схватку с превосходящим врагом. В этом бою он уничтожил более десятка фашистов. Однако сам был тяжело ранен и без сознания захвачен в плен. Гитлеровцы подвергли его зверским пыткам, но Плахотный погиб, не ответив ни на один вопрос врагов.
За образцовое выполнение боевых заданий и проявленный при этом отвагу и героизм, Указом Президиума Верховного Совета СССР от 24 мая 1945 года капитану Плахотному Николаю Михайловичу присвоено звание Героя Советского Союза (посмертно).
Именем Героя названа улица в Ленинском районе Новосибирска.
